Graphviz : boite à outils générant des graphes de plusieurs façons. Les graphes peuvent être écrits ou modifiés manuellement car le langage assez simple ou générés par programme comme dans le cas de Maketree de Complearn http://www.graphviz.org/

Compléments de Graphviz : TO, http://perso.univ-lr.fr/kbertet/TO/Telechargement.html#Documentation, Afterglow, http://afterglow.sourceforge.net/

Améliorer les graphes issus de Graphviz : voir Inscape

YEd : un très beau programme pour générer manuellement des graphes. Des images pour représenter les noeuds des graphes peuvent être produits simplement à partir de photos, de dessins, copies d'écran. Exemple : le shéma de PMPC. http://www.yworks.com/en/products_yed_about.html

Dia : comme YEd Dia permet de générer des graphes simplement et a les mêmes fonctionnalités. Seule l'interface est moins belle. http://projects.gnome.org/dia/

Inkscape : c'est le meilleur outils pour créer et traiter les images vectorielles au format SVG, format recommandé par le w3c et d'avenir pour le web. http://inkscape.org/?lang=fr

D'autres outils libres de visualisation d'informations ou de données existent, voir : https://linuxfr.org/news/petit-tour-des-outils-de-visualisation-libres